1.排斥注冊程序協(xié)調規(guī)則 TRIPS協(xié)定納入了巴黎公約的商標注冊標準，同時又增加了許多新的標準，從而大大推進了商標注冊國際協(xié)調運動。但該協(xié)定主要針對各國商標注冊的實體規(guī)則，只包含少量的注冊保障程序要求，并未廣泛涵蓋注冊程序規(guī)則。如本章第一節(jié)所述，WIPO管轄下的程序性規(guī)則經歷了長期的發(fā)展已趨于成熟完備，得到越來越廣泛的接受，但TRIPS協(xié)定并未積極吸收這些程序規(guī)則。在這個意義上，TRIPS協(xié)定并不是一個全面的跨國商標注冊國際協(xié)調制度，具有一定的局限性。 2.成員間利益的不平衡性 TRIPS協(xié)定下商標注冊規(guī)則雖然體現(xiàn)了相關利益人之間的平衡保護，但是就從國際關系的角度看，并未能很好的實現(xiàn)所有成員，特別是發(fā)達國家與發(fā)展中國家成員的利益平衡。原因主要有兩個:一是TRIPS協(xié)定下商標注冊制度產生的主要推動者為發(fā)達國家及其所擁有的跨國公司，他們出于貿易市場競爭利益的維護，極力推動商標協(xié)調從外部程序制度向其他國家內部實體規(guī)則的拓展，由此所達成的商標統(tǒng)一注冊標準最直接的受益者仍是發(fā)達國家與其跨國公司，發(fā)展中國家獲益相對有限。（關于發(fā)達國家特別是發(fā)達國家跨國公司對于TRIPS協(xié)定形成影響的分析，可參見Duncan Mat-thews. Globalizing Intellectual Property Rights The TRIPS Agreement［M］. Routledge Press，2002.）二是TRIPS協(xié)定商標領域的談判以發(fā)達國家之間的談判為基本格局，并主要是在發(fā)達國家所提供的建議文本基礎上進行的，發(fā)展中國家的談判聲音與力量相對弱小，因此最終確立的商標注冊制度從根本上更體現(xiàn)了發(fā)達國家意愿（在TRIPS協(xié)定商標條款談判過程中發(fā)達國家與發(fā)展中國家存在較為明顯的的分歧。相比于發(fā)達國家所提出的統(tǒng)一的高水平保護標準，發(fā)展中國家主張商標注冊標準與所授予的權利應當由成員國內法決定。他們擔心外國商標在本國市場中的使用會影響本國市場的社會經濟。例如印度，認為外國商標宣傳鼓勵了無意義的奢侈消費，有損其社會價值，并且擾亂了資源的分配，還導致外匯大量流出。因此印度主張外國商標在其國內市場上使用應當符合其國內的發(fā)展目標，并建議應確保外國商標發(fā)揮其質量保證功能。其他許多發(fā)展中國家也表達了類似的看法，他們的觀點更集中于商標權利的實施方面，反對在商標領域采取高標準的保護。但是發(fā)展中國家的提案后來在1990年主席草案中被歐共體與美國的提案所取代，因此，發(fā)展中國家的主張并未對TRIPS協(xié)定商標條款方面產生非常重要的影響。Nuno Pires de Carvalho. The Trips Regime of Trademark and Design［M］. Kluwer Law International，2006:210.），是其推動全球知識產權發(fā)展政策的重大勝利。
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