python可視化hdf5文件的操作

對于一些復(fù)雜的hdf5文件，通過可視化的方法可以比較容易的了解文件的內(nèi)部結(jié)構(gòu)，下面介紹基于python的一個(gè)hdf5文件的安裝使用方法

1 安裝vitables工具包

命令 pip install vitables

2 安裝完成后在終端中使用命令

vitables 文件名.hdf5

最終實(shí)現(xiàn)hdf5文件的可視化,方便直觀就像一層層打開文件夾一樣

補(bǔ)充：python對于HDF5的操作

看代碼吧~

    import h5py  #導(dǎo)入工具包  
    import numpy as np  
    #HDF5的寫入：  
    imgData = np.zeros((30,3,128,256))  
    f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','w')   #創(chuàng)建一個(gè)h5文件，文件指針是f  
    f['data'] = imgData                 #將數(shù)據(jù)寫入文件的主鍵data下面  
    f['labels'] = range(100)            #將數(shù)據(jù)寫入文件的主鍵labels下面  
    f.close()                           #關(guān)閉文件  
      
    #HDF5的讀?。? 
    f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','r')   #打開h5文件  
    f.keys()                            #可以查看所有的主鍵  ：在這里是：【data】,[label]
    a = f['data'][:]                    #取出主鍵為data的所有的鍵值  
    f.close()  

補(bǔ)充：關(guān)于python環(huán)境中hdf5報(bào)錯(cuò)問題的幾種解決辦法（親測）

一、報(bào)錯(cuò)內(nèi)容如下：

Warning! HDF5 library version mismatched error
The HDF5 header files used to compile this application do not match
the version used by the HDF5 library to which this application is linked.
Data corruption or segmentation faults may occur if the application continues.
This can happen when an application was compiled by one version of HDF5 but
linked with a different version of static or shared HDF5 library.
You should recompile the application or check your shared library related
settings such as ‘LD_LIBRARY_PATH'.
You can, at your own risk, disable this warning by setting the environment
variable ‘HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK' to a value of ‘1'.
Setting it to 2 or higher will suppress the warning messages totally.
Headers are 1.10.4, library is 1.10.5

二、幾種解決辦法

首先，這個(gè)問題是有可能是hdf5庫不匹配的問題，也有可能是一個(gè)類似warning的東西，下面我會詳細(xì)的說一下。

第一種解決辦法：

卸載hdf5，然后重新安裝。

終端執(zhí)行的代碼如下：

conda uninstall hdf5
conda install hdf5

網(wǎng)上有好多朋友用這個(gè)方法有用， 本人親測：方法對我無用。

第二種解決辦法：

檢查一下設(shè)置的路徑：LD_LIBRARY_PATH

本人親測：由于我使用的系統(tǒng)是win10,但是LD_LIBRARY_PATH這個(gè)路徑我找了 好半天也找不到，后來搜索一下發(fā)現(xiàn)時(shí)Linux的，所以這個(gè)方法我沒有使用。

第三種解決辦法：

將HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK設(shè)置為更高等級，忽略警告。

在import tensorflow之前，在代碼中添加如下代碼：

import os;
os.environ[‘HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK'] = ‘2'

本人親測：此方法著實(shí)有用！

以上為個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。