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Geneformics發(fā)布基因組測序數(shù)據(jù)壓縮方案

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Geneformics D大幅提高基因組數(shù)據(jù)在云端上傳、下載、存儲及備份的效率(最高可達(dá)本來的10倍)

美國加州森尼韋爾市——Geneformics數(shù)據(jù)系統(tǒng)有限公司(以下簡稱“Geneformics”)是基因組IT架構(gòu)領(lǐng)導(dǎo)者之一,專注于提高第二代測序(NGS)數(shù)據(jù)的傳輸、存儲及備份的效率。Geneformics今日正式發(fā)布Geneformics D,一款專為基因組數(shù)據(jù)設(shè)計的分布式云端壓縮解決方案。Geneformics D將基因數(shù)據(jù)上傳,下載,存儲和備份的速度及效率提高近10倍,同時降低90%的成本。

與現(xiàn)有應(yīng)用差別,Geneformics D被整合到云端架構(gòu)中,從而提供無縫,可拓展辦事,而非生硬地作為一款應(yīng)用添加于基因組工作流程中。

Geneformics D基于Geneformics與以色列魏茨曼研究所共同研發(fā)的無損壓縮技術(shù),可為基因組云端程序提供企業(yè)級的基礎(chǔ)設(shè)施辦事(IaaS)。運用Geneformics D技術(shù),從人群測序、基因庫、遺傳、罕見疾病、癌癥和基因組學(xué)藥物治療研究中提取的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)可被自動壓縮,這一過程對用戶透明,從而高效地節(jié)省時間,帶寬及大量存儲空間。

Geneformics CEO Rafael Feitelber 體現(xiàn):“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)正在促使醫(yī)療及研究機(jī)構(gòu)將基因組數(shù)據(jù)分析過程從當(dāng)?shù)叵蛟贫思軜?gòu)遷移, 因為云端架構(gòu)的高可擴(kuò)展性,共享性和易用性更具有吸引力?,F(xiàn)在,通過Geneformics D技術(shù),相關(guān)機(jī)構(gòu)可以通過云端高可擴(kuò)展的無縫基因組數(shù)據(jù)壓縮大大加快數(shù)據(jù)分析流程,減少儲存需求。

Geneformics公司的創(chuàng)始人兼CTO Arik Keshet體現(xiàn):“單個人類全基因組測序的數(shù)據(jù)量大約為250-300GB,Geneformics目前致力解決海量數(shù)據(jù)給第二代測序從業(yè)人員所帶來的巨大挑戰(zhàn)。通過使用Geneformics D技術(shù),經(jīng)壓縮的全基因組數(shù)據(jù)大小僅有本來的十分之一。同時,由于Geneformics D技術(shù)與底層架構(gòu)的無縫整合,,使得用戶不需要改變?nèi)魏蔚臄?shù)據(jù)格式和應(yīng)用接口。

Geneformics D采用分布式的、云端壓縮文件系統(tǒng),目前已整合至亞馬遜網(wǎng)絡(luò)辦事(AWS),Geneformics D未來版本將會陸續(xù)整合其他云辦事提供商。Geneformics D軟件安置在每個計算實例上,協(xié)同實現(xiàn)一個對象即文件(object-as-file),經(jīng)過透明壓縮的Linux尺度文件系統(tǒng)。Geneformics D動態(tài)解壓縮技術(shù)讓采用原生FASTQ和BAM格式的數(shù)據(jù)分析應(yīng)用不需修改即可使用,從而保證對生物信息流程的影響最小。

其他Geneformics D功能包孕:

在實例連接的磁盤上,智能緩存解壓文件段,并加速數(shù)據(jù)分析進(jìn)程。

與計算基礎(chǔ)架構(gòu)的無縫整合,具有幾乎無限的拓展能力。

自動化云端基因組數(shù)據(jù)存儲辦理(專利申請中),可將數(shù)據(jù)引導(dǎo)至最具成本效益的存儲層。通過細(xì)粒度的對象儲存分層,在空間壓縮的成本節(jié)省的基礎(chǔ)上還可以再節(jié)約高達(dá)50%的成本。

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Geneformics是基因組數(shù)據(jù)辦理和壓縮技術(shù)的全球領(lǐng)導(dǎo)者之一。Geneformics依托生物信息學(xué)家、計算機(jī)工程師及以色列魏茨曼研究所共同開發(fā)的專有技術(shù),降低大數(shù)據(jù)的復(fù)雜性,使得可以輕松拜候海量基因組數(shù)據(jù)。公司的解決方案已被全球多家公司采用,以優(yōu)化數(shù)據(jù)傳輸、存儲和備份,鞭策精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展。Geneformics在美國硅谷和以色列均設(shè)有服務(wù)處,由國際知名的風(fēng)險投資基金提供資金保障。

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